http://www.divx-digest.com/software/index.html
Qui ci sono diversi programmi e utility, di cui alcune specifiche per inserire i sottotitoli nei divx.
Credo tu debba ri-rippare il tutto per poi vedertelo su lettore.
Non sono sicuro del fatto che si possa scegliere se togliere o mettere i sottotitoli. Devi provare!